Acesse o painel de controle do seu servidor de minecraft. Desligue o servidor, e aguarde o console concluir o desligamento
No menu lateral, clique em "Arquivos"
Na pasta worlds clique no ... e depois em Delete para apagar o mundo atual.
Agora, abra o arquivo server.properties e
Procure a linha level-seed=
Em level-seed=, insira a seed que deseja carregar no seu servidor e depois clique em SAVE CONTENT para salvar o arquivo.
Agora basta está iniciando o servidor que a seed escolhida será adicionada.